İç organlarını çalıştıran sinirlerdeki hasar otonom nöropati ile sonuçlanır. Kalbimiz, sindirim sistemi, idrar yolları ve cinsel fonksiyonlar otonom nöropatiden etkilenir. Hastalarda aynı zamanda farklı şekillerde seyreden terleme bozuklukları da oluşabilir. Kalp etkilenmesi sonucu aritmi ve çarpıntılar oluşabilir. Biliyoruz ki kalpte otonom nöropati geliştiği zaman hastanın yaşam süresi biraz kısalabilmektedir. Sindirim sisteminde bulantı, kusma, erken doyma, çabuk acıkma, ishal ve kabızlık gibi sorunlar hastaların yaşam kalitesini etkileyebilir. Sık idrar yolu enfeksiyonu geçirebilirler. Özellikle erkek hastalarımızda cinsel fonksiyon bozuklukları; yani sertleşme sorunları diyabetik otonom nöropatinin en önemli problemlerinden biridir.